Dr hab. Agata Kowalska-Szubert ukończyła filologię germańską ze specjalizacją niderlandzką na Uniwersytecie Wrocławskim. Z Katedrą Filologii Niderlandzkiej jest związana nieprzerwanie od 1991 roku. 

W roku 1996 na Uniwersytecie Lejdejskim obroniła doktorat poświęcony frazeologii niderlandzkiej („De kool en de geit. Nederlandse vaste verbindingen met een dier- of plantelement”).  

W roku 2015 obroniła rozprawę habilitacyjną na Uniwersytecie Jana Palackiego w Ołomuńcu. Tematem jej pracy były niderlandzkie zapożyczenia leksykalne we współczesnej polszczyźnie. 

Od 2016 roku kieruje Zakładem Językoznawstwa Niderlandzkiego w Katedrze Filologii Niderlandzkiej. 

Główne obszary jej badań to szeroko pojęta leksykologia (frazeologia, metaforyka, etymologia, zapożyczenia, leksykografia i in.). Jest autorką wielu artykułów, trzech monografii, współautorką podręcznika do nauki niderlandzkiego języka biznesu oraz słowników, w tym Słownika niderlandzko-polskiego (wyd. Pegasus). Prowadzi głównie zajęcia specjalizacyjne oraz seminaria licencjackie i magisterskie. 

Jest członkinią wielu stowarzyszeń niderlandystycznych i germanistycznych, w tym stowarzyszenia niderlandystów Europy Środkowej COMENIUS, któremu przewodniczy.